El Fideicomiso de Cuotas, tiene como objetivo administrar los ingresos pagados por los alumnos por conceptos de cuotas de inscripción,  colegiaturas y servicios escolares, con eficiencia, eficacia, transparencia y honradez para satisfacer los objetivos a los que estén destinados, procurando su óptimo aprovechamiento y el mayor impacto posible en los programas prioritarios y estratégicos para el desarrollo y la superación académica de la Universidad, con énfasis en los objetivos relacionados directamente con la formación integral de los estudiantes.

El Fideicomiso de Cuotas funciona bajo la responsabilidad de un Comité Técnico y su administración está a cargo de Tesorería General de la Universidad, Unidad Responsable en la cual se concentran todas las operaciones y documentación relativa al programa, y que se ubica en el edificio Principal segundo piso del campus central de la Unidad Regional Centro, situado en Boulevard Luis Encinas y Calle Rosales, en Hermosillo, Sonora, con número telefónico (662) 2 59 21 42, Extensión 1139.